AI in Medical Image Computing
16.01.2025, 17 - 17:45 Uhr
Leiter des Forschungsbereichs KI in der medizinischen Bild- und Signalverarbeitung, DFKI Lübeck
Direktor des Instituts für Medizinische Informatik, Universität zu Lübeck
Interdisciplinary hacking, problem solving and networking: The event is open to all disciplines and career levels (students are welcome!). During the hacking sessions, you will be supported by a mentor. The best teams will win prizes.
We are looking forward to seeing you in spring!
Check out our 5 challenges here: curahack-challenges-2025.pdf
„Computational approaches for the prediction of gene and protein function“
02.12.2024, 17:00-17:45 Uhr
Computational Biology and Data Mining Group, JGU Mainz
Das Seminar wird vor Ort bei der TRON gGmbH, Göttelmannstraße 17, Mainz, Seminarraum EG rechts, stattfinden.
Introducing ForTra - Promoting the translation of medical research results into clinical application
26.11.2024, 17 - 17:45 Uhr
ForTra gGmbH für Forschungstransfer der Else-Kröner-Fresenius-Stiftung, Bad Homburg v.d. Höhe
Markus Junker, unser Mitglied im curATime-Management Team, vom DFKI leitet den Workshop „KI in Life Sciences: Potenziale und Herausforderungen“, in dem unser Clustersprecher Prof. Johnny Kim curATime vorstellen wird. Außerdem beteiligt sich Prof. Andreas Dengel, Geschäftsführender Direktor des DFKI, an der Podiumsdiskussion "Vernetzung regionaler Technologiezentren in RLP" und unser curATime Projektleiter und Lotse für KI und Life Science, Prof. Stefan Kramer von der Johannes Gutenberg-Universität spricht über “KI und Life Science in Rheinland-Pfalz”.
Die curATalk-Vortragsreihe wurde 2021 ins Leben gerufen, um die an curATime beteiligten, sowie thematisch eng verwandten Forschenden und deren wissenschaftliche Expertise miteinander zu vernetzen. Dieses virtuelle Treffen findet in regelmäßigen Abständen statt und veranschaulicht die neuesten Forschungsergebnisse und Themen, die einen wissenschaftlichen Mehrwert für die einzelnen curATime-Projekte bieten. Die curATalks werden öffentlich angekündigt und erfreuen sich somit der regen Beteiligung eines diversen Publikums.
AI in Medical Image Computing
16.01.2025, 17 - 17:45 Uhr
Leiter des Forschungsbereichs KI in der medizinischen Bild- und Signalverarbeitung, DFKI Lübeck
Direktor des Instituts für Medizinische Informatik, Universität zu Lübeck
„Computational approaches for the prediction of gene and protein function“
02.12.2024, 17:00-17:45 Uhr
Computational Biology and Data Mining Group, JGU Mainz
Das Seminar wird vor Ort bei der TRON gGmbH, Göttelmannstraße 17, Mainz, Seminarraum EG rechts, stattfinden.
Introducing ForTra - Promoting the translation of medical research results into clinical application
26.11.2024, 17 - 17:45 Uhr
ForTra gGmbH für Forschungstransfer der Else-Kröner-Fresenius-Stiftung, Bad Homburg v.d. Höhe
„Immune cell specificity of immunothrombosis control“
06.11.2024, 17:15-18:00 Uhr
Institut für Laboratoriumsmedizin, LMU Klinikum München
Das Seminar wird vor Ort auf dem Campus der Universitätsmedizin Mainz, Gebäude 708, Seminarraum 2 stattfinden.
Sex differences in coronary artery disease
31.10.2024, 17:00 - 18:00 Uhr
Universitätsklinikum Frankfurt am Main, Medizinische Klinik 3: Kardiologie, Angiologie
Das Seminar findet vor Ort auf dem Campus der Universitätsmedizin Mainz, Gebäude 102, Seminarraum 1 statt.
Restoration of endogenous transcription factor activity by CRISPRa to prevent cardiac failure
02.10.2024, 17 - 18:00 Uhr
Institut für Pharmakologie und Toxikologie,
Universitätsmedizin Göttingen
Das Seminar findet vor-Ort, auf dem Campus der Universitätsmedizin, Gebäude 708, statt
Pluripotent stem cell derived cardiomyocytes for cardiac repair - pharmacological considerations
02.10.2024, 17 - 18:00 Uhr
Spanish National Center for Cardiovascular Research, Madrid
& Universitätsklinikum Hamburg-Eppendorf
Das Seminar findet vor-Ort, auf dem Campus der Universitätsmedizin, Gebäude 708, statt
Platelets in Infection: A Battle of Wits
13.06.2024, 17:15 - 18:15 Uhr
Institut für Gefäßbiologie und Thromboseforschung,
Medizinische Universität Wien
Das Seminar findet vor-Ort, auf dem Campus der Universitätsmedizin Mainz, Gebäude 708, statt
Dissemination of inflammatory cells and molecules from the intestine to downstream and distal organs
08.05.2024, 17 - 17:45 Uhr
Emil R. Unanue Professor of Immunobiology, Department of Pathology
Washington University in St. Louis, USA
Modern lipidomics approaches for clinical and preclinical research and profiling
18.04.2024, 17 - 17:45 Uhr
Clinical Lipidomics Unit, Institut für Physiologische Chemie
Universitätsmedizin Mainz
Macrophage-targeted RNA therapeutics
15.01.2024, 17 - 17:45 Uhr
Prof. Dr. Dr. Stefan Engelhardt
Institut für Pharmakologie und Toxikologie
Technische Universität München
Sprecher des CNATM Clusters
Microbiota and Arterial Thrombosis
08.11.2023, 17 - 17:45 Uhr
Jun.-Prof. Dr. Christoph Reinhardt
Centrum für Thrombose und Hämostase
Universitätsmedizin Mainz, Germany
Protein Protein interaction prediction in our AI based Genomics and Proteomics Sequence Analysis Framework
08.08.2023, 17 - 17:45 Uhr
Dr. Muhammad Nabeel Asim
DFKI GmbH
Kaiserslautern, Germany
Breaking Tolerance: The Autoimmune Aspect of Atherosclerosis
12.06.2023, 17 - 17:45 Uhr
Prof. Dr. Klaus Ley
Immunology Center of Georgia
Augusta University, USA
Synthetic regeneration at the heart of reversible reprogramming
25.05.2023, 17:00 - 17:45 Uhr
Dr. Johnny Kim
TRON gGmbH, Mainz
Blockchain as Digital Access Gate to Medical Data
21.03.2023, 17:00 - 17:45 Uhr
Dr. Markus Jostock
Arxum GmbH, Kaiserslautern
Acute coronary syndrome – novel pathophysiologic insights call for precision prevention
17.01.2023, 17:00 - 17:45 Uhr
Prof. Dr. David M. Leistner
Med. Clinic 3 – Cardiology, Angiology, University Hospital Frankfurt
„Humoral“ Immunity and Immune Homeostasis in Atherosclerosis
23.11.2022, 17:00 - 17:45 Uhr
Prof. Dr. Christoph Binder
Department of Laboratory Medicine Medical University of Vienna & Center for Molecular Medicine of the Austrian Academy of Sciences
Macromolecular strategies for enhancing immunotherapy responses to treat cardiovascular diseases
06.09.2022, 17:00 - 17:45 Uhr
Julius Maximilian University Würzburg
Inflammation of the heart: Mechanism and therapeutic options
21.07.2022, 16:00 – 16:45 Uhr
Prof. Dr. med. Florian Leuschner
Heidelberg University Hospital
Atherothrombosis: the impact of clotting proteases
21.06.2022 17:30 - 18:15 Uhr
Prof. Hugo ten Cate
CARIM, Maastricht University Medical Center+
RNA therapeutics in cardiovascular disease
12.04.2022, 17:00 - 18:00 Uhr
Prof. Dr. Stefanie Dimmeler
Goethe- University, Frankfurt
Institute of Cardiovascular Regeneration, Centre for Molecular Medicine
Chemometrics strategies and tools in Precision Medicine
23.03.2022 17:30 - 18:15 Uhr
Prof. Johan Trygg
Departmentof Chemistry, Umeå University, Umeå, Sweden
Corporate Research, Sartorius, Umeå, Sweden
Artificial CRISPR, an AI based approach to predict signature drug response from multi-omics datasets
22.03.2022, 17:30 - 18:15 Uhr
Prof. Dr. Jürgen Scheele
Chief Medical Officer Innoplexus AG
Advancing Robust Signal Processing and Statistical Learning for Biomedical Applications
15.02.2022, 17:30 - 18:15 Uhr
Prof. Dr.-Ing. Abdelhak Zoubir
Signal Processing Group, Technical University of Darmstadt
Human gut microbiota variation in health and disease
02.02.2022, 17:00 – 17:45 Uhr
Laboratory of Molecular Bacteriology (Rega Institute), KU Leuven, Belgium
Symptoma – Every patient deserves the right diagnosisand treatment
24.01.2022, 17:00 - 17:45 Uhr
Dr. med-univ. Jama Nateqi
Mass spectrometry-based proteomics in translational research and systems medicine
15.12.2021, 17:30 – 18:15 Uhr
Univ.-Prof. Dr. rer. nat. Stefan Tenzer
Institut für Immunologie, Universitätsmedizin Mainz
Unter dem Motto „Translating Research into Therapies” haben sich am 6. Februar alle Clusterakteure zusammengefunden um sich in entspannter Atmosphäre über aktuelle Forschungsfragen und Ergebnisse auszutauschen.
Externe Expertinnen und Experten aus unterschiedlichen Bereichen wie Translationaler Forschung, KI, Thromboseforschung und Nachhaltigkeit in der Wissenschaft haben unseren Mitgliedern durch ihre Vorträge nicht nur neue Impulse geben können, sondern mit ihrer Teilnahme auch unser Netzwerk erweitert. Zusätzlich hat uns der Besuch von Sprechern aus Politik und von BMBF-Vertretern noch einmal die Bedeutung unseres Clusters vor Augen gehalten und somit unsere gemeinsame Mission bestärkt.
Im späteren Verlauf wurden unsere Leuchtturmprojekte in Impulsvorträgen vorgestellt. Alle weiteren curATime-Projekte wurden während der Poster Session intensiv diskutiert – eine sehr gute Gelegenheit die persönlichen Kontakte im Cluster zu vertiefen.
Zum Abschluss haben wir zum ersten Mal der „curAEquality“ Award für besondere Forschungsleistungen im Bereich Gender und Diversity in der Forschungsarbeit vergeben. Die Gewinnerin, Romina Wolz, die gerade ihre Doktorarbeit am Zentrum für Thrombose und Hämostase der Universitätsmedizin Mainz anfertigt, hat den Preis für ihr curATime-Teilprojekt "Role of macrophage coagulation signaling in atherosclerosis" erhalten.
Postersession auf der curAMeet 2024
Innovationen für die Zukunft von Life Science und Medizin
Der curAHack hat junge Wissenschaftler, Bioinformatiker und Healthcare-Begeisterte zusammengebracht, um Herausforderungen aus der Forschung des curATime-Clusters anzugehen. Unter Anleitung von Mentor:innen und Expert:innen haben die Teilnehmenden innerhalb von zwei Tagen innovative Lösungen entwickelt und am Ende der Veranstaltung einer Jury präsentiert. Infos zur Veranstaltung und den Challenges sind hier zu finden.
Die Mentoren der drei Challenges ziehen eine begeisterte Bilanz:
"Team 1, "curAGUI" musste eine grafische Benutzeroberfläche erstellen, die alle zur Verfügung gestellten Platzhalterskripte implementieren konnte, um sie anschließend durch trainierte Deep-Learning-Modelle zu ersetzen. Das Team war in der Lage, ein Grundgerüst zu entwickeln, das alle erforderlichen Punkte umfasste und Videos in einer Weise integrierte, die die Ergebnisse der Pipeline nachahmte." Aida Romano Martínez, Universitätsmedizin Mainz
"Während des Hackathons arbeiteten zwei Teams an einer RNA-seq-Analysepipeline, die für die anfängliche Analyse keine Informationen zur Genannotation erfordern sollte. Beide Teams waren in der Lage, explorative Analysen durchzuführen, um die Auswirkungen verschiedener Ensemble-Genannotationsmodelle zu quantifizieren. Als Lösung haben beide Teams k-mer-Zähltabellen als Zwischenergebnisdatei entwickelt, die später auf jede beliebige Genannotation abgebildet werden kann.
Während das eine Team, die "Bioinformagicians", eine Analysepipeline mit vorhandenen Tools erstellte, die sie geschickt auswählten und für den beabsichtigten Zweck anpassten, entwickelte das andere Team, die "Expressionists", eine neuartige Analyse von Grund auf. Die "Bioinformagicians" gewannen schließlich den Hackathon mit einer kombinierten Analyse, die die Grundlage für die Entwicklung einer neuen Expressionspipeline für RNA-seq-Daten bilden könnte. Wir werden alle Ergebnisse und Erkenntnisse in einem Preprint zusammenfassen und alle Daten, den Code und die Analyse als öffentliches Repository und auf einem Preprint-Server zur Verfügung stellen."
Dr. David Weber, TRON gGmbH
"Die Hackathon-Herausforderung "Target Sequence for RNA delivery" wurde von dem Team "CurApollo13" in Angriff genommen, das Peptidsequenzen identifizieren wollte, die einen gezielten Transport von Nanopartikeln zu Endothelzellen in atherosklerotischen Läsionen ermöglichen könnten. Ohne jegliche Vorkenntnisse oder Rechenressourcen entwickelte das Team zwei kreative und doch komplementäre Konzepte. Ein Ansatz bestand in der Analyse der 3D-Proteinstrukturen von Paratop/Epitop-Paaren.
In einem zweiten Ansatz stellte das CurApollo13-Team ein Konzept vor, bei dem 3D-Strukturen von zufälligen kurzen Peptidsequenzen mit Hilfe von AlphaFold, einer leistungsstarken Berechnungsmethode zur Simulation von 3D-Proteinstrukturen, rechnerisch vorhergesagt werden können. Diese mutmaßlichen Strukturen könnten dann Antigenen überlagert werden, um ihre mutmaßliche Bindung zu testen. Im Prinzip könnte der erste Ansatz zur Validierung des zweiten, vollständig rechnerischen Ansatzes verwendet werden. Das Team CurApollo13 belegte den zweiten Platz beim curAHack."
Dr. Johnny Kim, TRON gGmbH
curAHack 2024 am Gutenberg Digital Hub im Mainzer Zollhafen
