Leiter des Forschungsbereichs KI in der medizinischen Bild- und Signalverarbeitung, DFKI Lübeck
Direktor des Instituts für Medizinische Informatik, Universität zu Lübeck
Register now for our next 2.5 days (Bio-) Hackathon “curAHack” on March 31 - April 02.2025 in Mainz
Interdisciplinary hacking, problem solving and networking: The event is open to all disciplines and career levels (students are welcome!). During the hacking sessions, you will be supported by a mentor. The best teams will win prizes.
ForTra gGmbH für Forschungstransfer der Else-Kröner-Fresenius-Stiftung, Bad Homburg v.d. Höhe
Vernetzungsveranstaltung der BioVation RLP - wir sind mit dabei!
Markus Junker, unser Mitglied im curATime-Management Team, vom DFKI leitet den Workshop „KI in Life Sciences: Potenziale und Herausforderungen“, in dem unser Clustersprecher Prof. Johnny Kim curATime vorstellen wird. Außerdem beteiligt sich Prof. Andreas Dengel, Geschäftsführender Direktor des DFKI, an der Podiumsdiskussion "Vernetzung regionaler Technologiezentren in RLP" und unser curATime Projektleiter und Lotse für KI und Life Science, Prof. Stefan Kramer von der Johannes Gutenberg-Universität spricht über “KI und Life Science in Rheinland-Pfalz”.
Die curATalk-Vortragsreihe wurde 2021 ins Leben gerufen, um die an curATime beteiligten, sowie thematisch eng verwandten Forschenden und deren wissenschaftliche Expertise miteinander zu vernetzen. Dieses virtuelle Treffen findet in regelmäßigen Abständen statt und veranschaulicht die neuesten Forschungsergebnisse und Themen, die einen wissenschaftlichen Mehrwert für die einzelnen curATime-Projekte bieten. Die curATalks werden öffentlich angekündigt und erfreuen sich somit der regen Beteiligung eines diversen Publikums.
Med. Clinic 3 – Cardiology, Angiology, University Hospital Frankfurt
curATalk Christoph Binder - 23.11.2022
„Humoral“ Immunity and Immune Homeostasis in Atherosclerosis
23.11.2022, 17:00 - 17:45 Uhr
Prof. Dr. Christoph Binder Department of Laboratory Medicine Medical University of Vienna & Center for Molecular Medicine of the Austrian Academy of Sciences
curATalk Lutz Nuhn - 06.09.2022
Macromolecular strategies for enhancing immunotherapy responses to treat cardiovascular diseases
Mass spectrometry-based proteomics in translational research and systems medicine 15.12.2021, 17:30 – 18:15 Uhr Univ.-Prof. Dr. rer. nat. Stefan Tenzer Institut für Immunologie, Universitätsmedizin Mainz
curAMeet 2024 – Unsere Erste Clusterkonferenz
Unter dem Motto „Translating Research into Therapies” haben sich am 6. Februar alle Clusterakteure zusammengefunden um sich in entspannter Atmosphäre über aktuelle Forschungsfragen und Ergebnisse auszutauschen.
Externe Expertinnen und Experten aus unterschiedlichen Bereichen wie Translationaler Forschung, KI, Thromboseforschung und Nachhaltigkeit in der Wissenschaft haben unseren Mitgliedern durch ihre Vorträge nicht nur neue Impulse geben können, sondern mit ihrer Teilnahme auch unser Netzwerk erweitert. Zusätzlich hat uns der Besuch von Sprechern aus Politik und von BMBF-Vertretern noch einmal die Bedeutung unseres Clusters vor Augen gehalten und somit unsere gemeinsame Mission bestärkt.
Im späteren Verlauf wurden unsere Leuchtturmprojekte in Impulsvorträgen vorgestellt. Alle weiteren curATime-Projekte wurden während der Poster Session intensiv diskutiert – eine sehr gute Gelegenheit die persönlichen Kontakte im Cluster zu vertiefen.
Zum Abschluss haben wir zum ersten Mal der „curAEquality“ Award für besondere Forschungsleistungen im Bereich Gender und Diversity in der Forschungsarbeit vergeben. Die Gewinnerin, Romina Wolz, die gerade ihre Doktorarbeit am Zentrum für Thrombose und Hämostase der Universitätsmedizin Mainz anfertigt, hat den Preis für ihr curATime-Teilprojekt "Role of macrophage coagulation signaling in atherosclerosis" erhalten.
Postersession auf der curAMeet 2024
curAHack 2024 - Erster curATime Hackathon
Innovationen für die Zukunft von Life Science und Medizin
Der curAHack hat junge Wissenschaftler, Bioinformatiker und Healthcare-Begeisterte zusammengebracht, um Herausforderungen aus der Forschung des curATime-Clusters anzugehen. Unter Anleitung von Mentor:innen und Expert:innen haben die Teilnehmenden innerhalb von zwei Tagen innovative Lösungen entwickelt und am Ende der Veranstaltung einer Jury präsentiert. Infos zur Veranstaltung und den Challenges sind hier zu finden.
Die Mentoren der drei Challenges ziehen eine begeisterte Bilanz:
"Team 1, "curAGUI" musste eine grafische Benutzeroberfläche erstellen, die alle zur Verfügung gestellten Platzhalterskripte implementieren konnte, um sie anschließend durch trainierte Deep-Learning-Modelle zu ersetzen. Das Team war in der Lage, ein Grundgerüst zu entwickeln, das alle erforderlichen Punkte umfasste und Videos in einer Weise integrierte, die die Ergebnisse der Pipeline nachahmte." Aida Romano Martínez, Universitätsmedizin Mainz
"Während des Hackathons arbeiteten zwei Teams an einer RNA-seq-Analysepipeline, die für die anfängliche Analyse keine Informationen zur Genannotation erfordern sollte. Beide Teams waren in der Lage, explorative Analysen durchzuführen, um die Auswirkungen verschiedener Ensemble-Genannotationsmodelle zu quantifizieren. Als Lösung haben beide Teams k-mer-Zähltabellen als Zwischenergebnisdatei entwickelt, die später auf jede beliebige Genannotation abgebildet werden kann.
Während das eine Team, die "Bioinformagicians", eine Analysepipeline mit vorhandenen Tools erstellte, die sie geschickt auswählten und für den beabsichtigten Zweck anpassten, entwickelte das andere Team, die "Expressionists", eine neuartige Analyse von Grund auf. Die "Bioinformagicians" gewannen schließlich den Hackathon mit einer kombinierten Analyse, die die Grundlage für die Entwicklung einer neuen Expressionspipeline für RNA-seq-Daten bilden könnte. Wir werden alle Ergebnisse und Erkenntnisse in einem Preprint zusammenfassen und alle Daten, den Code und die Analyse als öffentliches Repository und auf einem Preprint-Server zur Verfügung stellen."
Dr. David Weber, TRON gGmbH
"Die Hackathon-Herausforderung "Target Sequence for RNA delivery" wurde von dem Team "CurApollo13" in Angriff genommen, das Peptidsequenzen identifizieren wollte, die einen gezielten Transport von Nanopartikeln zu Endothelzellen in atherosklerotischen Läsionen ermöglichen könnten. Ohne jegliche Vorkenntnisse oder Rechenressourcen entwickelte das Team zwei kreative und doch komplementäre Konzepte. Ein Ansatz bestand in der Analyse der 3D-Proteinstrukturen von Paratop/Epitop-Paaren.
In einem zweiten Ansatz stellte das CurApollo13-Team ein Konzept vor, bei dem 3D-Strukturen von zufälligen kurzen Peptidsequenzen mit Hilfe von AlphaFold, einer leistungsstarken Berechnungsmethode zur Simulation von 3D-Proteinstrukturen, rechnerisch vorhergesagt werden können. Diese mutmaßlichen Strukturen könnten dann Antigenen überlagert werden, um ihre mutmaßliche Bindung zu testen. Im Prinzip könnte der erste Ansatz zur Validierung des zweiten, vollständig rechnerischen Ansatzes verwendet werden. Das Team CurApollo13 belegte den zweiten Platz beim curAHack."
Dr. Johnny Kim, TRON gGmbH
curAHack 2024 am Gutenberg Digital Hub im Mainzer Zollhafen